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加载R包和数据
In [1]:
.libPaths("C:/Program Files/R/R-3.6.1/library")
library(ggpubr)
In [2]:
# Load data
data("ToothGrowth")
df <- ToothGrowth
head(df)
Out[2]:
len supp dose
4.2 VC 0.5
11.5 VC 0.5
7.3 VC 0.5
5.8 VC 0.5
6.4 VC 0.5
10.0 VC 0.5
一
方向修改
1. 常见的箱体图
In [3]:
p <- ggboxplot(df, x = "dose", y = "len")
p
Out[3]:

2. 更改绘图方向
可选参数:"vertical", "horizontal", "reverse" (“垂直”,“水平”,“反向”)
In [4]:
ggpar(p, orientation = "vertical")
Out[4]:

In [5]:
ggpar(p, orientation = "reverse")
Out[5]:

In [6]:
ggpar(p, orientation = "horizontal")
Out[6]:

rotate 如果为TRUE,则通过将绘图方向设置为水平来旋转图形。
In [7]:
ggpar(p,rotate = T)
Out[7]:

二
标题、轴标签修改
1. 更改标题名和轴标签名
In [8]:
ggpar(p,
main = "Plot of length
by dose",
xlab = "Dose (mg)", ylab = "Length")
Out[8]:

2. 更改标题和轴标签样式
标题字体样式: 'plain', 'italic', 'bold', 'bold.italic'(“普通”,“斜体”,“粗体”,“斜粗体”)
In [9]:
ggpar(p,
main = "Length by dose",
submain = "plot by length",
font.main = c(24,"bold.italic", "red"),
font.submain = c(14,"bold.italic", "green"),
font.x = c(14, "bold", "#2E9FDF"),
font.y = c(14, "bold", "#E7B800"))
Out[9]:

3. 隐藏轴标签
In [10]:
ggpar(p, xlab = FALSE, ylab = FALSE)
Out[10]:

三
箱体图颜色修改
1. 带颜色的箱体图
In [11]:
p2 <- ggboxplot(df, "dose", "len", color = "dose")p2
Out[11]:

2. 使用自定义调色板
In [12]:
ggpar(p2, palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"))
Out[12]:

3. 使用Dark2 、grey 、 npg等调色板
In [13]:
ggpar(p2, palette = "Dark2" )
Out[13]:

In [14]:
ggpar(p2, palette = "grey")
Out[14]:

In [15]:
ggpar(p2, palette = "npg") # nature
Out[15]:

四
轴刻度,界限,刻度转换
1. 轴刻度标签和旋转
font.tickslab, font.xtickslab, font.ytickslab:刻度标签的字体样式(大小,字体,颜色)
x.text.angle, y.text.angle:x、y轴的字体方向
In [16]:
ggpar(p,
font.tickslab = c(14,"bold", "#993333"),
x.text.angle = 45, y.text.angle = 45)
Out[16]:

2. 隐藏轴刻度和刻度标签
In [17]:
ggpar(p, ticks = F, tickslab = F)
Out[17]:

3. 设置轴的范围
In [18]:
ggpar(p, ylim = c(-20, 60))
Out[18]:

In [19]:
ggpar(p, ylim = c(-20, 60),yticks.by = 10 )
Out[19]:

4. 轴刻度log2转换
In [20]:
ggpar(p, yscale = "log2", format.scale = TRUE)
Out[20]:

五
图例修改
1. 更改图例的位置和标题
In [21]:
ggpar(p2,
legend = "right", legend.title = "Dose (mg)",
font.legend = c(10, "bold", "red"))
Out[21]:

往期相关链接:
1、R基础篇
2、R进阶
【绘图进阶】之六种带中心点的PCA 图和三维PCA图绘制(四);
【绘图进阶】之交互式可删减分组和显示样品名的PCA 图(三);
3.python基础篇
4、数据提交
3分钟学会CHIP-seq类实验测序数据可视化 —IGV的使用手册;
10分钟搞定多样性数据提交,最快半天内获取登录号,史上最全的多样性原始数据提交教程;
20分钟搞定GEO上传,史上最简单、最详细的GEO数据上传攻略;
5、表达谱分析
6、医学数据分析
【本群将为大家提供】
分享生信分析方案
提供数据素材及分析软件支持
定期开展生信分析线上讲座

QQ号:1040471849
作者:大熊
审核:有才
来源:天昊生信团
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