m6A2Target: 2020年5月火热出炉的m6A修饰酶靶标数据库

RNA的m6A修饰，其研究热度高居不下，详情可戳链接：2019国自然最全m6A RNA甲基化解析。目前涌现了大量m6A相关高分文章，其中绝大部分文章的核心内容都围绕着一个问题展开：m6A修饰酶的靶基因到底是谁？

近日，小编发现了由中山大学肿瘤防治中心团队开发的地表最强m6A修饰酶靶标数据库---- m6A2Target，可在线使用，操作简单，数据庞大，相信可以帮助到不少m6A研究者。

2020年5月发表于Briefings in Bioinformatics期刊（IF=8.990）

http://m6a2target.canceromics.org/#/home

m6A2Target是一个全面的m6A修饰酶（写入酶、擦除酶和读取酶）的靶基因数据库。它整合了经低通量实验验证的高可信度m6A修饰酶靶点，以及经CLIP-Seq、RIP-seq和ChIP-seq等高通量测序表明的具有结合证据的潜在靶点，或经m6A修饰酶干扰后（即敲低或过表达实验）结合RNA-Seq、m6A-Seq和Ribo-Seq等高通量测序后推断出的靶点。

• 1)文献数据收集：

开发者在Pubmed上查询m6A相关关键词，收集94篇m6A已发表的文献。所有这些论文仅限于更新至2019年3月的人类和小鼠研究。后续手动汇总了低通量实验结果，基于这些文章确定m6A的验证靶点；同时收集了这些论文的高通量测序数据，将其作为m6A潜在靶点进行分析和展示。

• 2）数据分析：

从GEO数据集收集发表的数据，按其测序类型分类，共78个数据集。对于CLIP-seq、iCLIP-seq、 hitsCLIP-seq和eCLIP-seq，使用CLIP Tool Kit进行分析，HOMER进行注释。对于PARCLIP-seq，使用Bowtie比对和PARalyzer v1.5分析，然后由HOMER注释。ChIP-seq数据使用bowtie2映射到参考基因组，使用MACS2调用峰，然后由HOMER注释。RIP-seq通过RSEM分析，生成FPKM。对于RIP-seq ，富集倍数定义为log2(IP/input)。质谱模块的数据由质谱结果进行总结，依据论文补充。使用STAR进行比对，然后使用MACS2和MeTPeak进行m6A峰调用，通过计算每个峰的IP RPKM值和输入RPKM值之间的比值，得到相对m6A水平。对于RNA-seq数据，使用RSEM生成基因计数，使用DESeq2得到差异表达基因。对于核糖体图谱，利用Bowtie2过滤线粒体DNA和核糖体RNA后，利用STAR将剩余的读数映射到基因组，然后选取唯一且映射质量高的读数，利用RSEM生成的FPKM，计算翻译效率为log2(Treatment/Control)。

选择物种、修饰酶与细胞系，输入需要查询的基因

由于我这里没有限制酶和细胞系，结果展示了三类不同可信度的靶向结果（validated；Binding；Perturbation）。如果限定了细胞系和酶，可能只出现其中一类。

1）Validated targets：来源于低通量实验结果（IP，报告基因等），具体需要点击原文献和Detail查看。

2）Binding：基于组学的靶向证据。RIP-seq，CLIP-seq：蛋白-RNA结合数据；CHIP-seq：蛋白-DNA结合数据；MS:蛋白-蛋白互作数据。

3）Perturbation：在干扰修饰酶后，该基因的RNA，蛋白，翻译或甲基化水平任何之一发生变化，都列为潜在靶点。

1）查看validated targets

2）查看potential targets

●m6A-seq测序后，不知道选什么靶基因进行后续工作？

●下一年基金准备走m6A方向，想做一些工作作为基础？

咨询沟通请联系

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