SSR标记如何搜集及筛选

上海天昊生物上海天昊生物 6天前

许多老师在看到我们的超高通量SSR分型技术--SSRseq^TM技术后，都希望能将该技术应用到自己的研究当中去，但往往不知如何下手。今天我们就简单讲一下在应用SSRseq^TM进行分型之前应该做的准备工作。

1、待研究物种SSR数据信息的搜集

这里给老师们介绍一个非常强大的SSR数据库--微卫星数据库(MicroSatellite DataBase，MSDB)。这个数据库是迄今为止收录多物种SSR注释数据最全的一个数据库，于2019年10在《Nucleic Acids Research》上发布，涵盖了37262个物种之多，您想要的SSR位点信息这里基本都有。详细介绍请点击：（迄今为止最全的多物种微卫星注释数据库MSDB发布）

MSDB网址：

https://data.ccmb.res.in/msdb/

2、后续SSR位点的筛选

在经过第1步MSDB数据库搜索后，我们通常都会得到几十万到几百万不等的SSR位点。我这里随机检索了人、小鼠、黑腹果蝇和拟南芥的SSR信息，结果如下：

我们要如何从这么多SSR标记里，有效的筛选一定数量SSR，用于后面大群体分型呢？这里有一些需要考虑的因素，这里参考2014年发表的文章《QDD version 3.1: a user-friendly computer program for microsatellite selection and primer design revisited: experimental validation of variables determining genotyping success rate》的建议，包括：通过从单体而非共有序列中选择SSR，对扩增成功可能性增加的引物对进行优先排序，选择单一重复而非多个基序序列，在引物和重复基序之间显示至少20 bp，侧翼区域显示高度复杂性(例如，没有微小卫星（minisatellite），侧翼区域没有其他SSR，侧翼区域或引物没有同聚物)。另外，选择具有最高重复数的SSR，以增加选择多态性位点的概率，避免可能形成发夹的基序，如at重复，并在可能时包括多种二、三和四核苷酸重复。具体的案例可以参考（微卫星分型谁更强？这篇论文帮你忙）这篇文章。

当做完上面两项工作之后

就赶紧联系我们

进行SSRseq^TM的分型工作吧！

关于天昊

天昊生物具有多年SSR分子标记检测及分析经验，天昊生物可以提供SSR分子标记的一代毛细管电泳检测，并且基于二代高通量测序技术开发出SSRseq^TM专利技术, 可以根据客户项目需求，提供不同数量样本和位点的高性价比SSR检测服务。

基于二代测序平台的

SSRseq^TM专利技术