【昊工具】好用到飞起来的癌症候选基因数据库-The Network of Cancer Genes (NCG)

数据库背景信息
由于越来越多的测序研究不断扩充癌症基因的相关数据，研究者急需一个能时时更新的癌症基因综合信息数据库。因此，研究者在2010年开始建立The Network of Cancer Genes (NCG)数据库，旨在从大量癌症测序数据中收集汇总癌症基因并给予详细注释。

NCG基于专家对癌症测序筛查研究的分析总结，提取出原始文献中癌症基因，并且收集分析该基因各方面的特征性质信息（简单来说，这是一个基于测序研究手动整理的癌症候选基因百科全书）。目前最新版NCG，共包括了2372个癌症基因。基于275篇已发表文章，这些基因的体细胞改变具有已知或预测具有癌症驱动作用。NCG同时注释了癌症基因的特性，例如多倍性，进化起源，RNA和蛋白表达，miRNA和蛋白互做，以及蛋白功能和其它一些基本特性。NCG目前已更新到第六版，与旧版相比，新版囊括的内容增加了1.5倍，可在以下地址访问http://ncg.kcl.ac.uk/。

图：2372个癌症候选基因来源（2个癌症数据库+273篇癌症测序文章）。

数据库使用体验

首页（支持多种搜索模式）

以BRCA1为例，搜索结果页面内容

基本信息模块(各种NCBI序列编号与链接“一网打尽”)

癌症基因信息模块

1 Cancer information：提示BRCA1为肿瘤驱动基因的文献列表（包括技术平台，分析平台，癌种等信息）

2 Duplicability（倍性）：体现BRCA1基因编码蛋白序列在基因组的比对情况

3 Orthology BRCA1基因的直系同源情况

4 Network Properties：BRCA1蛋白互做情况

5 Gene Expression in Normal Tissues：包括2个基因表达数据（GTEx和Protein Atlas）和1个蛋白表达数据（Protein Atlas）

6 Gene Expression in Cancer Cell Lines：列举了三个数据库中肿瘤细胞系中该基因表达情况（Cancer Cell Lines Encyclopedia (CCLE)；Cosmic Cancer Cell Lines Project (CLP)；Genentech dataset (GNE)）

7 Essentiality：BRCA1基因对于细胞系存活的必须性（来源于OGEE和PICKLES 数据库）

8 Protein Function：蛋白参与的通路信息（来源于KEGG,Reactome，BioCarta三个数据库）

9 miRNA-gene interactions：互做miRNA信息